开头两句“山木萧萧风又吹，两崖波浪至今悲。”苍凉沉郁，感慨遥深，为全诗奠定了悲壮的基调。诗人登上崖门山，听到萧萧的风声，似乎又见到了风雨飘摇，岌岌可危的国家局势；看见两崖的波浪，似乎又映现陆秀夫从容抱帝赴海的悲壮景象。南宋的这一幕在几百年后，南明又再次重演，诗人悲恸万分。“至今悲”三字，点明了诗人不是在单纯吊古，而更是在伤今，语极浑厚有力。

“一声望帝啼荒殿”，诗人借望帝的传说抒写亡国之痛。三忠祠的荒凉的大殿上，猛然传来一声杜鹃的啼叫，骤然令诗人想起其声中的亡国哀思，因而悲不自胜。下句“十载愁人拜古祠”，大殿只有杜鹃声，而无人声，可见人们已久不来祭拜了。他们或是忘却了这三位英烈，或是迫于高压不敢来此。从清兵入关到本年，正好是十年。在这十年中，诗人时时刻刻是个“愁人”，是为故国忧愁的人。这句将诗人谒祠的用心昭示于读者：正是为了一释十年的愁苦，使愁怀有一恸之处。

“海水有门分上下，江山无地限华夷”变客观叙事为主观抒情。“海水有门分上下”，波涛汹涌、横无际涯的大海，在海港入口处尚有上、下海门之别。“江山无地限华夷”紧对上句，大好的锦绣河山被异族占领，以至于无法分别华、夷的界限。这两句即景成对，表现了对清朝统治者的极大义愤，又能属对工切，是诗中警句。

“停舟我亦艰难日，畏向苍苔读旧碑”，诗人以三位忠烈的事迹激励自己，永葆节志。永历帝失败之后，陈恭尹曾避于江汉一带，现返回广东，故曰“停舟”。虽然结束了避难逃离的亡命生涯，但生活依然充满了艰难险厄。即便如此，诗人也决不改变初衷。“畏向苍苔读旧碑”言自己惧怕去诵读表彰三位英烈的碑文。言下之意，对自己未能像三位英烈那样舍身明志，却苟活于世深感不安。这是诗人的自责之词，但苟活尚且不安，屈节当然更不可能，所以，这句也表明了诗人誓不与清统治者合作的决心。

这首诗在韵脚的使用上很有特点，韵部本身便造成低回恳挚的语境，再加上诗人那沉重压抑的情感，使全诗从内容到形式取得了高度的统一和较强的艺术效果。

《崖门谒三忠祠》作于顺治十一年（1654年）。时诗人途经崖门，凭吊忠烈，感慨万千，于是便写下这首诗。